Alien 3:n Game Boy -variantissa tarinalla on onnellinen loppu: tuholaistorjuntahommissa vankilan asukkaita auttanut Ripley palaa pelastuskapselillaan kotiin Bishopin pää kainalossa. Alieneita vaarallisemmaksi viholliseksi osoittautuu Fiorina 161 -planeetan sokkelomainen ilmastointijärjestelmä.