Kun yksinäinen Hakkeri joutuu tietomurron takia TriOptimum-korporaation pidättämäksi ja saa sukkulakyydin Saturnuksen kiertoradalla sijaitsevalle Citadel-avaruusasemalle, tulevaisuus näyttää synkältä.
Yllättäen aseman pomo tarjoaa kuitenkin Hakkerille diilin: poista asemaa kontrolloivan tekoälyn SHODANin datasilmukasta eettiset rajoitteet, ja saat palkkioksi sotilastason neuroimplantit. Kuka itseään kunniottava kyberpunkkari voisi kieltäytyä?
Puolen vuoden lääketieteellisen kooman jälkeen Hakkeri herää Citadel-asemalta uutukaiset siirrännäiset aivoissaan, mutta jokin tuntuu olevan pielessä…